Pedagoška dejavnost je za Marino Horak ravno tako pomembna kot igranje in posveča se ji z navdušenjem. Število študentov glasbe in poklicnih glasbenikov, ki so tako ali drugače črpali iz njenega znanja, je veliko, med njimi so uspešni koncertanti, skladatelji, pedagogi ... z ravno takim zagonom pa se posveča tudi poučevanju otrok, ki jih je učila na glasbenih šolah in privatno v v Holandiji, Angliji, Nemčiji in Sloveniji.

Vodila je mojstrske tečaje in delavnice v Belgiji, Švici, Angliji, Sloveniji, Italiji, Nemčiji, na Švedskem, Norveškem in na Hrvaškem. V Liegu (Belgija, 1988-1990) in v Zagrebu (Hrvaška, 1993-1995) je vodila stalne skupine študentov in absolventov raznih akademij ter mladih glasbenikov.

Od leta 2003 je docentka na Akademiji za glasbo v Ljubljani.

Svoj lastni stil poučevanja, ki stremi k razcvetu učenčeve osebne ustvarjalnosti, orisuje takole:

"Iščem skupaj z učencem poti, ki privedejo do integracije med samim seboj in glasbo. Pomembno je, da učenec začuti lastno energijo s pomočjo pozornosti do dihanja in gibanja, da se zave elastičnosti in sproščenosti telesa ter ob tem razvije občutek za zvok. Z izraznim plesom in spontano improvizacijo pa se poveže z globljimi sloji domišljije, kar postane osnova za živo in individualno doživljanje glasbenega pomena preko lastnih izkušenj in življenjskih vsebin, kar omogoča svoboden, poln izraz. Smiselne povezave med potrebo po osebnem izražanju in med živim odnosom do struktur v glasbi nam pomagajo razviti naš potencial in nas naredijo občutljive za globlje sporočilo v glasbi."

Valentina, mlada kolegica iz Novega Sada, ki poučuje na glasbeni šoli v Kopru, pa je Marinin pouk doživljala takole:

"Kar se me je posebej dotaknilo v vašem načinu dela je to, da - ne glede na to, kakšno pot ubere usmerjanje, po katerem želite voditi učenca - je vsebina, ki mu jo pri tem odpirate, vedno njegova osebna vsebina, ki izhaja iz osebnih izkušenj, doživljanj, podob, in ni vrinjena (oktroirana) od zunaj. Tako je osnova, katere se "oprime" učenec, njegovo doživetje - blizek, jasen in razumljiv in zato tudi delotvoren. Voditi z jasnimi koraki učenca-sogovornika, poglobiti njegov pogled in mu osvetljevati misli, pri tem pa ne biti nasilen pri realiziranju lastnih idej, temveč samo vzgajati, in razvozlavati vse kar je zamračeno, odpirati vse kar je zapleteno - to se mi zdi veliki dar, ki ga vi imate."

Zgovorni dokazi za kvaliteto njenega pedagoškega dela so številne izjave nekdanjih učencev, ki delujejo po vsem svetu, od Avstralije do Kanade.